1949年12月20日，中共杭锦旗工作委员会在百灵庙（今锡尼镇）主持召开各界人士会议，会议决定：王府的基层政权单位参领区改为区人民政府，各参领任区长。1950年后陆续给各区配备了副区长。1951年6月废除保甲制，建立村行政委员会。1953年7月，全旗划为12个行政区，辖42个行政村。1954年春建乡，将原来的42个行政村改为42个乡。1957年12个区人民政府改为7个苏木、5个区、1个镇人民委员会。1958年10月将全旗13个基层人民委员会改为14个人民公社，各公社建立公社管理委员会，由社长、副社长和委员若干组成。人民公社以下设生产大队和生产小队。

1986年，成立公社革命委员会，取代了公社管理委员会，革命委员会设主任、副主任和委员。各生产大队亦成立革命委员会。1980年撤销全旗各公社革命委员会，恢复人民公社，1982年改人民公社为镇、苏木、乡人民政府。设镇长、苏木长、乡长、副镇长、副苏木长、副乡长。各嘎查、村建立村民委员会，设嘎查长、村长。1990年全旗计有23个镇、苏木、乡人民政府，145个嘎查村委会。