1949年12月6日，经伊克昭盟政务委员会批准，成立杭锦旗临时人民政府。1950年1月18日召开杭锦旗临时人民代表大会，选举产生杭锦旗人民自治政府。1950年全旗设有12个区人民政府（其中包括河套东、中、西3个巴格区），作为旗人民自治政府的派出机构。旗级政府机构设建设科、民教科、卫生科、财政科、人民法院。1951年杭锦旗人民自治政府改为杭锦旗人民政府。1951年6月伊克昭盟将桃力民中心区管辖的3个区划归杭锦旗，编为十、十一、十二区，并建立区人民政府。旗级政府机构增设税务局，公安局，供销社。1953年5月将河套3个巴格区划归巴盟河套行政区。全旗仍是十二个区人民政府。

1955年8月，旗人民政府改称旗人民委员会，下设秘书科、农牧林水科、计划统计科、文教科、卫生科、民政科、人事室、财政科、税务局、公安局、粮食局、邮电局、人民银行、检察院、供销社15个职能部门。

1956年撤销了第一、二、五、六、七、八、九区人民政府，建立了7个苏木政府，13个乡政府。

1957年设置为13个苏木、区、镇人民委员会，1958年撤销了三、四、十、十一、十二区人民委员会，1958年改建为14个人民公社，后经几次调整增设，至“文化大革命”前旗人民委员会所属委、室、局、科、馆、社、站、行有20个，全旗共有21个人民公社。

1966年“文化大革命”开始后不久，旗人民委员会被迫停止工作，1968年成立旗革命委员会，1980年12月召开旗第八届人民代表大会，重新成立旗人民政府。

1983年以后，根据机构改革的要求和提高工作效率的精神，对旗人民政府所属机构进行了调整。

1990年全旗共有23个镇、苏木、乡基层人民政府，旗人民政府下设的部门有44个（不包括盟直属机构）。