清朝借鉴了在统一女真各部，建立满洲的过程中，实行八旗制度的成功经验，在归顺了的蒙古各部推行了盟旗制度，取代了之前的“邻户分封制”。根据清朝《钦定理藩院则例》对盟旗政权的结构、制度、管辖和监督均有明确规定，因而郡、札旗的旗政格局相同，郡、札旗由清廷理藩院（部）直接管辖。理藩院下属的旗籍司专门掌握、管理归化、封爵、授官和会盟等事宜。王会司负责朝贡、赏赐等事务。郡、札旗并受绥远将军和陕西省神木县理司员监督。绥远将军原称右卫建威将军。乾隆四年（1739年）建立绥远城，改称绥远将军。神木县设理事司员1人，负责伊盟六旗（除鄂托克旗）境内蒙汉之间需要交涉的各种事件，每年到各旗视察一次。主要检查私人放垦土地及组织军队等情况。理事司员人选每三年更换一次。理藩院（部）绥远将军、理事司员对旗内政务不加干涉。民国元年（1911年）农历12月，中华民国颁布了“满蒙回藏各族待遇之条件”，宣布清廷对蒙古实行的种种政策继续生效：一、各蒙古王公原有管辖治理权一律照旧；二、各蒙古汗、王公、台吉等之各世袭位号袭承旧制，其特权依旧；三、蒙古王公之世袭俸给从优。民国时期郡、札旗由民国政府蒙藏委员会管辖，并受绥远特别行政区（1928年改设为省）都统监督。对旗内政务不加干涉。

根据《钦定理藩院则例》的规定，每旗有不同爵位的札萨克（旗王爷或旗王）1人，札萨克以下有东、西协理（官府）2人，协助处理旗务。协理必须是台吉（贵族）与札萨克一个血统出身，协理之下有管旗章京1人，按照协理的旨意处理旗务，其出身台吉、平民均可。管旗章京之下有两个副管旗章京，又称东、西梅林，其出身台吉、平民均可。札萨克为世袭制，其余五人为终身制。东、西协理以任职先后排列。管旗章京不管资历多高一定要排列在协理之后，两个副管旗章京是平列的，以任职先后排列。以札萨克为主，这六个人构成了掌握一旗之政的首脑集团。这个集团的办事机构是旗衙门（又称旗公署），它的职能主要是司法，衙门日常工作由管旗章京和副管旗章京轮流值班。负责值班的章京是旗衙门最高负责人。衙门中遇有重大事件值班者难以决断，就请示札萨克，札萨克也难以决断就召集首脑集团成员共同商议。这个集团也无法处理，就召开临时旗务大会或上报盟处理。不值班的章京一般住在自家，有事由差役通知。他们没有固定薪俸，每年根据诉讼案件收入，分取实物为主。

王爷府（王府）是札萨克的私人住宅。内有专门工作人员和驱使的奴隶。王府有白通达1人，副白通达1～2人。他们是札萨克最可信赖的奴隶，如札萨克触犯刑律可由其代为受罚，故俗称他们为“顶命白通达”。白通达同时是札萨克外出时据其爵位编排的仪仗队的队长。王府内设大德木齐1人，是王府的总管家，小德木齐若干人，负责办理具体工作。札萨克之下有一些与札萨克直系血统的闲散王公，他们有爵位无职权，爵位分镇国公、辅国公、一等台吉、二等台吉、三等台吉、四等台吉共六种。清廷对札萨克及闲散王公据其爵位均有俸禄，分为俸银和俸缎。清廷对封爵有升降封剥之权。

封爵俸禄表

旗内每年举行开印、念经、祭敖包和封印等若干次例行旗务大会。进行祭祀祖先，敬奉神灵和文体娱乐活动，时间一般是固定的。开印时间在农历正月中旬，封印时间在腊月二十二日，封印期间停止办公。如遇特别重大事项，则由札萨克在王府召集临时旗务大会，由札萨克最后决定。

蒙旗基层系统分为参领（蒙语札兰）、佐领（蒙语苏木）和催领（蒙语昆都）三级。参领相当于区一级的政权机构。设参领章京1人，遵照札萨克、协理、管旗章京的命令，督促所属佐领办理地方的一切事务。参领章京一般是从平民中选任的，是蒙旗政府与佐领之间的承转人。佐领设佐领章京1人，是地方事务的实际负责者，由平民出身者担任。催领协助佐领办理佐内事务，每佐领内有骁骑校1人，宝什浩（即警察）1人。办理佐内丁册户籍等事宜。台吉每族设族长1人，管束本族行为，每十家设什家长1人。

蒙旗是由一个王公统治，有固定封地并带有军事性质的类似小王国的行政单位。它分毛裂土，等级森严，实行小国寡民的政治体制，它和自然形成的畜牧业经济基础相适应，加之偏僻、闭塞的地理环境，以及清朝、民国政府施之以怀柔、羁縻的愚禁政策，严重束缚了生产力发展和社会进步。