黄河南岸总干渠（简称“南干渠”），1959年4月，由自治区水利局设计院勘测设计。1960年2月，全盟抽调民工1.2万人，进入施工地段。工程以旗县包任务，至1961年9月开通渠段81公里，完成土方678万立方米，投资421万元。根据“建成一段、利用一段”的原则，1961年6月2日，南干渠进水闸放水，干流输水52公里，巴拉亥渠改由二十二公里分水闸引水，灌溉农田2.4万亩。1962年，巴拉亥林场至建设渠口一段遣留工程完工，南干渠接入建设渠通水，建设渠附近2/3农田得到灌溉。1963年，南干渠接入卢团店附近的解放渠口，解决了建设渠下游和解放渠下、中游地区的灌溉。1964年，南干渠延至解放渠石连闸，解决了解放渠下游地区的灌溉。1965年南干渠在解放渠石连闸接达拉特旗胜利渠和羊场渠。

南干渠的开挖，厉时4年，全长274公里，贯通杭、达两旗沿河地区，灌田48万亩。该渠的建成，结束了杭锦旗多年来无坝引水的历史。1980年后，该渠因自然因素所致，实际利用长度为230.6公里（达拉特旗只有中和西乡受益），输水能力30立方米/秒，最大可达33立方米/秒。流经杭锦旗总长214公里。至此。杭锦旗沿河成为伊克昭盟唯一引黄自流灌区。1990年4月，全旗出动民工7000多人，各种机动车537辆（台），利用1个月时间，完成南干渠138公里上游段清淤任务，完成土方71万立方米，保证了南干渠的正常输水。

南干渠口建有钢筋混凝土结构进水闸1座。南干渠22、40、60、80、119、168、178、190公里处，分别建有钢筋混凝土结构枢纽节制闸。南干渠77、96、157、208公里处分别建有草闸。南干渠214公里处，有过水涵洞1座。南干渠13、35、52、78、104、188公里处分别建有公路桥。南干渠22、64、119、168和217公里处分别建有泄水闸。南干渠支渠共有131条，设支渠口闸85座，斗渠共有277条，总长度为1392.7公里，渠分为干、支、斗、农4级配套。

南干渠存在的问题：渠线长，管理不便；灌排不配套，灌区盐碱化逐年加剧；风沙侵袭南干渠，淤澄量大，养护困难；黄河南移，对南干渠造成直接威胁。